【シーズン1 最終話】ちゃぽん、ちゃぽん――。山城美術館にいた真理 (白石聖) の前に、ポリタンクを持った牛尾 (吉原光夫) が現れた! 紫陽 (堀田真由) の姿を探す牛尾に、真理が「ここには私しかいない」と告げたそのとき、銃声が響き渡った。一方、悠 (山田涼介) と義父の京一 (佐々木蔵之介) は、佳代子 (鈴木保奈美) から恐ろしい話を聞く。急いで山城美術館に向かう中、銃声が聞こえ動悸が激しくなる悠。ついに山城美術館に到着したそのとき、目の前に衝撃的な光景が広がっていて――! 果たして、悠は紫陽と再会することができるのか――。待ち受ける、想像を絶する結末とは!?

「紫陽 (堀田真由) に会いたい」と強く願う悠 (山田涼介) は、義理の父･京一 (佐々木蔵之介) に会って決着をつける決心をした。京一は“最後の用事”を済ませたら紫陽のいる山城美術館に行く、と電話で言ってきたが、それが嘘である可能性も考えられ、悠は彼を尾行することに。日江製薬応用技術センターに向かった京一に続いた悠が中に入ると、そこには驚くべき光景が…。その頃、黛 (土居志央梨) は、刑事･多田 (和田正人) の元を訪れ、ある宣言をする――。同じ頃、京一を父のように思い慕ってきた前原 (木戸大聖) は大きな決意をしていた。そして、ついに紫陽誕生の裏側が明らかに! さらに牛尾 (吉原光夫) の本当の狙いも判明する……! 果たして、悠は紫陽に会うことができるのか!?

ショックを隠せない佳代子 (鈴木保奈美) は、刑事･黛 (土居志央梨) とともに病院へ。その頃、悠 (山田涼介) は、平間 (小手伸也) と刑事･多田 (和田正人) から話を聞いていた。またしても犠牲者が出てしまったことに責任を感じる悠に、「君のせいじゃない」と伝えた多田は、情報交換をしないかと持ちかける。その話に乗ることにした悠は、紫陽 (堀田真由) は今も生きている、と主張。紫陽が生きているからこそ、必死にその存在を隠そうと殺人事件が起きているのだ、とその理由を語る。多田は、「もし君の妹が生きているとしたら……事件を起こしているのは……」と、思いもよらぬことを口にする――!? そんな中、意外な人物の裏切りが明らかに! そして、さらなる犠牲者が出る事態に…!

悠 (山田涼介) は、義理の妹･紫陽 (堀田真由) にまつわる秘密をついに知ることになる。さらに、インド･ループクンド湖から発掘された古人骨と紫陽のDNAが一致した理由も明らかに。そして、その真相には、宗教団体「樹木の会」が関与していたことも判明。この事実を知った“唯”こと真理 (白石聖) は、仙波佳代子 (鈴木保奈美) のもとへ。真相を問い詰める真理だったが、佳代子は思いもよらぬ反応を見せて……!? その頃、悠は平間 (小手伸也) と顔を合わせていた。日江製薬が行っていた開発研究をめぐる、衝撃的な真実を掴み、すぐにでも記事にしたいと記者魂を燃やす平間。しかし、紫陽の存在が晒されることを危惧した悠は、記事にしないでほしいと訴える。だが、平間はそれを拒否。さらに、悠に予想だにしない言葉を告げて――!?

七瀬悠 (山田涼介) と共に、200年前の人骨と紫陽 (堀田真由) のDNAが一致した謎を追ってきた“唯” (白石聖)。彼女は日江製薬の社長･七瀬京一 (佐々木蔵之介) のもとを訪ねる。「紫陽がどこにいるのか知りたい」と訴える彼女に対し、京一は「君には本当に感謝している」と告げる。実は京一は、石見崎に“あること”を託していたのだ。さらに、石見崎が殺された理由を問うと、京一の口から信じがたい言葉が飛び出してきて――!? その頃、悠は真実を確かめるべく、ある計画を立てていた。無謀とも言えるそのチャレンジは、果たしてうまくいくのか!? そしてついに、ループクンド湖で行われていた研究の全貌が明らかになる――!

紫陽 (堀田真由) はこの世に存在しない――。七瀬悠 (山田涼介) は、刑事･黛 (土居志央梨) が告げた内容に耳を疑う。そんな悠を、多田 (和田正人) は憐れむように見るのだった。翌日、釈放されることになった悠の元に、義理の父で日江製薬の社長･七瀬京一 (佐々木蔵之介) がやってくる。一方、週刊誌「東邦ジャーナル」の編集長･平間 (小手伸也) は、石見崎唯 (白石聖) と接触。さらに、平間は日江製薬と宗教団体「樹木の会」につながりがあるとにらみ、取材と称して「樹木の会」に乗り込む。そして、ついに広報部長･春日 (松下由樹) と対面。一連の事件の真相に近づいていく……! その頃、悠は、これまでのすべてを覆すような衝撃の事実に向き合うことに――!?

七瀬悠 (山田涼介) は、牛尾 (吉原光夫) と対峙する事態に――。一方、義理の父･七瀬京一 (佐々木蔵之介) は、仙波佳代子 (鈴木保奈美) から「ログゼロ」を早急に処理するよう迫られていた。その後、石見崎唯 (白石聖) と合流した悠は、200年前の人骨が発掘された“ループクンド湖”に、事件の真相へとつながる手がかりがあると推測する。さらに、週刊誌「東邦ジャーナル」の編集長･平間 (小手伸也) は、中国企業「新明阿」の香島 (笠原秀幸) から話を聞き、日江製薬を巡る不穏な動きをつかむ。一方、京一の部下･前原 (木戸大聖) はある施設を訪れ、証拠隠滅を図っていた。果たして、日江製薬が隠し続ける「ログゼロ」とは――。

義理の父･七瀬京一 (佐々木蔵之介) によって、強制入院させられそうになった七瀬悠 (山田涼介)。その後、悠から一連の経緯を聞いた石見崎唯 (白石聖) は、京一が古人骨の一件に何か関わっているのではないか、と疑い始める。その頃、週刊誌の編集長･平間 (小手伸也) は、フリー記者の小野寺 (猪塚健太) の自宅を訪れていた。日江製薬周辺の取材を行っていた小野寺だったが、自宅は何者かに荒らされていて、資料もなくなっていた。そんな中、平間の元に「小野寺」から着信が入る。一方、悠と唯は、仙波佳代子 (鈴木保奈美) が事件の真相について何かを知っていると確信。二人は、悠の妹･紫陽 (堀田真由) と200年前の人骨のDNAが一致した謎へと迫っていく。

遺伝子学を研究する七瀬悠 (山田涼介) は、恩師の石見崎教授 (正名僕蔵) に頼まれ、200年前の古人骨のDNA鑑定を行った。すると、古人骨のDNAが行方不明の義理の妹･紫陽 (堀田真由) のものと完全に一致するという不可解な謎に直面する。そんな折、悠の元に石見崎の姪･石見崎唯 (白石聖) がやってくる。石見崎の娘･真理の失踪を告げた唯は、悠に協力を申し出た。真相を探るうちに、二人は「仙波佳代子」(鈴木保奈美) という発生生物学の世界的権威が何らか関与しているのではと疑い出す。悠と唯は仙波への接触を試みる――! そんな中、悠は義理の父･七瀬京一 (佐々木蔵之介) に呼び出された。京一は、古人骨の件にこれ以上首を突っ込まないよう言い渡し……!?

遺伝子学を研究する大学院生の七瀬悠 (山田涼介) は、4年前の豪雨で行方不明になった義理の妹･紫陽 (堀田真由) の葬儀場の前にいた。義理の父で大手製薬会社･日江製薬の社長、七瀬京一 (佐々木蔵之介) が執り行う紫陽の葬式を止めるべくやってきたのだ。悠は、紫陽が生きていると信じていた。そんな折、悠は恩師の石見崎教授 (正名僕蔵) から古人骨のDNA鑑定を依頼された。それはインドのループクンド湖で発掘された200年前の人骨だった。悠がその人骨を解析すると、驚がくの結果が。鑑定されたDNAが、行方不明の義妹･紫陽のDNAと100%一致したのだ! この不可解な謎に吐き気を覚えながらも、悠は真相を探るべく動き出す。そんな悠の前に現れた石見崎の姪･唯 (白石聖) が思いもよらない事実を告げ…。